บริเวณชายฝั่งทางตอนเหนือที่ติดกับทะเลเมดิเตอร์เรเนียนและบริเวณชายฝั่งทิศใต้ (บริเวณสาธารณรัฐแอฟริกาใต้) มีภูมิอากาศแบบเมดิเตอร์เรเนียน อากาศเย็นสบายตลอดปี ฤดูร้อนอบอุ่นและแดดจัด ฤดูหนาวอากาศไม่หนาวเย็นมากและมีฝนตก
บริเวณตะวันออกของทวีปแถบประเทศโมซัมบิก มีภูมิอากาศใกล้เคียงกับภูมิอากาศเมดิเตอร์เรเนียน คือ แบบกึ่งร้อนชื้น มีฝนตกชุกในฤดูร้อน ฤดูหนาวอากาศอบอุ่น
บริเวณอ่าวกินี ลุ่มแม่น้ำคองโกและเขตที่ราบสูงทิศตะวันออก มีลักษณะเป็นป่าดิบชื้น มีอากาศร้อน ฝนตกชุก พืชพันธุ์เป็นป่าทึบและป่าดงดิบ รอบบริเวณป่าดงดิบทางตอนเหนือและบริเวณตอนใต้เส้นศูนย์สูตร มีภูมิอากาศซึ่งเป็นเอกลักษณ์ของทวีปแอฟริกา คือ ภูมิอากาศแบบสะวันนา เป็นทุ่งหญ้าสลับต้นไม้ ฝนตกชุกในฤดูร้อนและอากาศหนาวแห้งแล้งในฤดูหนาว ร้อยละสามสิบของทวีปแอฟริกาเป็นเขตทะเลทราย มีฝนตกน้อยมาก พืชพันธุ์ที่ดำรงอยู่ได้เป็นพวกกระบองเพชรและอินทผลัม ทางทิศเหนือเป็นที่ตั้งของทะเลทรายซาฮาราและทะเลทรายลิเบีย ถือเป็นพื้นที่ทะเลทรายที่ใหญ่ที่สุดในโลก ทิศใต้เป็นที่ตั้งของทะเลทรายคาลาฮารีและทะเลทรายนามิบ บริเวณตอนกลางและชายฝั่งทิศตะวันตกมีลักษณะภูมิอากาศกึ่งทะเลทราย หรือแบบสเตปป์ บริเวณนี้มักมีลักษณะเป็นทุ่งหญ้าสั้น อากาศแห้งแล้ง และมีฝนตกน้อยมากเหมือนในทะเลทราย